Pokud je uživatel úspěšně zaregistrován, může se přihlásit do aplikace Škola OnLine. Aplikaci lze spustit zapsáním URL adresy https://www.skolaonline.cz/, do webového prohlížeče. Na této stránce klikne vpravo nahoře na možnost Vstup do Školy OnLine.
Po spuštění se zobrazí přihlašovací stránka aplikace. Zde dochází k ověření uživatele, který se do aplikace přihlašuje. Uživatel musí zadat své uživatelské jméno (zvolené při registraci) a heslo do určených kolonek v rámečku v pravé horní části obrazovky:
U uživatelského jména se nerozlišují velká a malá písmena (uživatelské jméno "novak" znamená totéž jako "Novak" nebo "NOVAK"), avšak u hesla přihlašovaného uživatele je brán zřetel na malá/velká písmena a na aktuálně nastavený typ klávesnice (čeština, angličtina apod.). V případě neplatného přihlášení si tedy nejdříve zkontrolujte, zdali nemáte zapnutý režim velkých písmen (Caps Lock), aktuálně nastavený jazyk klávesnice (CS, EN) a pokud Vaše heslo obsahuje číslice, zkontrolujte také, zda nemáte vypnutou číselnou klávesnici (Num Lock). Po kliknutí na tlačítko Přihlásit bude uživatel přihlášen a přesměrován do prostření aplikace.
Poznámka: některé školy mají povoleno přihlášování přímo ze svých školních stránek a v takovém případě jsou uživatelé informováni o jiném způsobu přihlašování přímo na škole. Způsob přihlašování popsaný v této kapitole však funguje i v pro uživatele na těchto školách.