Menu slouží k psaní nových zpráv a obsahuje výpisové formuláře odeslaných a přijatých zpráv. Zprávy si mohou posílat učitelé navzájem, mohou být odesílány žákům/studentům a jejich zákonným zástupcům. V rámci modulu Komunikace je možné rovněž přijímat elektronické omluvenky od zákonných zástupců případně plnoletých žáků s přímou návazností na omluvení dané absence.
Při požadavku na odeslání zprávy je nejprve nutné zvolit příjemce zprávy, poté zadat Předmět zprávy (výstižný popisek zprávy zobrazený příjemci) a vlastní text zprávy. Funkčnost modulu Komunikace rovněž umožňuje odeslání zprávy prostřednictvím SMS nebo e-mailu. Aplikace Škola OnLine také umožňuje přijímat elektronické omluvenky, které jsou dostupné všem uživatelům (zákonným zástupcům), ale záleží na každé škole, jestli bude tyto druhy omluvenek akceptovat či nikoliv.
Součástí odesílané zprávy může být také příloha za předpokladu, že je odesílaná na e-mail.
Aplikace umožňuje v rámci modulu Komunikace odeslání zprávy s hlasováním.